Vào thời điểm bắt đầu cuộc chiến, Hải quân Hoàng gia Hy Lạp bao gồm chiếc tuần dương hạm cũ Averof, 10 khu trục hạm (4 chiếc thuộc lớp Theria, 4 chiếc tương đối hiện đại thuộc lớp Dardo và 2 chiếc mới thuộc lớp khu trục hạm G), nhiều tàu phóng ngư lôi và 6 tàu ngầm cũ. Đứng trước lực lượng mạnh của Hải quân Hoàng gia Ý (Regia Marina), vai trò của nó chủ yếu giới hạn trong việc tuần tra và hộ tống các đoàn tàu hàng tại biển Aegea. Điều này là cần thiết cho việc hoàn thành công tác động viên quân đội cũng như toàn bộ việc tái cung cấp cho đất nước, khi các tuyến vận tải biển bị máy bay và tàu ngầm Ý từ quần đảo Dodecanese uy hiếp.

Dù vậy, các tàu của Hy Lạp cũng có tiến hành những chiến dịch tấn công hạn chế vào những đoàn tàu Ý tại eo biển Otranto. Các khu trục hạm đã thực hiện 3 cuộc đột kích ban đêm táo bạo nhưng không có kết quả (14–15 tháng 11 năm 1940, 15–16 tháng 12 năm 1940 và 4–5 tháng 1 năm 1941). Thắng lợi chủ yếu là của các tàu ngầm, họ đã xoay xở đánh chìm được một số tàu vận tải Ý. Về phía Ý, mặc dù Regia Marina đã phải chịu tổn thất nặng về các tàu chiến chính trước Hải quân Hoàng gia Anh trong trận Taranto, các tuần dương hạm và khu trục hạm Ý vẫn tiếp tục hoạt động bảo về việc vận chuyển giữa Ý và Albania. Ngoài ra, ngày 28 tháng 11, một phi đội Ý đã oanh tạc Corfu, và trong các ngày 18 tháng 12 và 4 tháng 3, lực lượng Ý đã pháo kích các vị trí trên bờ biển của Hy Lạp ở Albania.

Từ tháng 1 năm 1941, nhiệm vụ chủ yếu của Hải quân Hoàng gia Bắc Hy Lạp là phối hợp với Hải quân Hoàng gia Anh hộ tống các đoàn tàu vận tải đến và đi Alexandria. Khi việc vận chuyển quân viễn chinh Anh bắt đầu vào đầu tháng 3, hạm đội Ý quyết định xuất kích tấn công họ. Nhờ biết trước thông tin bằng cách chặn bắt mã Ultra, hạm đội Anh đã chặn đánh và làm thất bại hoàn toàn quân Ý trong trận mũi Matapan vào ngày 28 tháng 3.

Khi cuộc tấn công của Đức bắt đầu ngày 6 tháng 4, tình hình đã có chuyển biến rất nhanh. Không quân Đức kiểm soát bầu trời và gây ra những thiệt hại nặng nề cho hải quân Hy Lạp và Anh. Khi phần đất liền Hy Lạp rồi đến đảo Crete bị quân đội Đức chiếm đóng, đã đánh dấu sự kết thúc của các hoạt động tàu nổi của Đồng Minh trên hải phận Hy Lạp cho đến tận chiến dịch Dodecanese năm 1943.